1997 als "Kunstfabrik am Flutgraben" gegründet, später in Flutgraben e.V. umbenannt. Ein ehemaliges Industriegebäude, heute unter Denkmalschutz (denkmalgeschütztes Gebäude), gelegen direkt an der ehemaligen Mauergrenze, östlich des Flutgrabens — des Kanals, der die Bezirke Kreuzberg und Treptow voneinander trennt.

Das Gebäude umfasst rund 50 Künstler*innenateliers, einen Projektraum, eine Mehrzweckhalle und eine Dachterrasse. Es ist ein selbstorganisierter, gemeinnütziger Raum, der sich finanziell durch dauerhafte Atelievermietung und die zeitweise Vermietung von Gemeinschaftsräumen trägt.

Seit 2004 betreut Flutgraben e.V. auch den ehemaligen Wachturm am Schlesischen Busch. Der Raum wird von der Initiative The Watch für Ausstellungen, Vorträge, Filmvorführungen und Residenzen genutzt.